Jouars-Pontchartrain est traversée par la route nationale 12, l’ancien tracé a été reclassé en route départementale 912. La commune est également traversée dans l’axe nord-sud par la RD 15, dans l’axe est-ouest par la RD 23, dans le hameau des Mousseaux par la RD 13 et au niveau de la forêt de Sainte-Apolline par la RD 134. L’avenue du Château qui relie la RD 15 à la RD 912 (ex-RN 12) est numérotée RD 25. La commune est desservie par les lignes 5, 7, 14, 78, DF, M, P, Q et V de la société de transport Hourtoule et par les lignes 40, 61 et Express 67 de l’établissement Transdev de Houdan. Enfin, le Transilien N y est disponible.